5 Jenis Marka (Penanda) Molekuler Pada Tanaman

Diposting pada

Jenis Marka (Penanda) Molekuler – Sebuah marka molekuler digunakan untuk menganalisis gen suatu tanaman tersebut. Ketika melakukan pengamatan, penanda molekuler menggunakan teknik tertentu.

5 Jenis Marka (Penanda) Molekuler Pada Tanaman
5 Jenis Marka (Penanda) Molekuler Pada Tanaman

Teknik marka molecular bisa dilakukan dengan menganalisis tumbuhan berdasarkan pada sekuens DNA dan perbedannya.

Jenis Marka (Penanda) Molekuler

Untuk mendeteksi keberadaan marka molecular, di bawah adalah beberapa metode yang sering digunakan.

1. Restriction fragment length polymorhphism (RFLP)

Metode memperkirakan didasari dari perbedaan ukuran potongan DNA. Struktur nukleotida pada DNA akan dipotong enzim endonuclease sesuai ukurannya. Setelah itu, hasil potongan tersebut dicampur dengan DNA probes lalu dianalisis.

Potongan DNA yang sesuai dengan DNA probes akan menjadi hybrid dan munculdalam layer. Polimorphisme akan terdeteksi didasari pada perbedaan ukuran potongan.

Metode RFLP mempunyai kelebihan dalam hal konsistensi, informasi yang akurat, tidak memerlukan sekuens DNA, dan relative gampang karena bisa terlihat dari perbedaan potongan.

Selain mempunyai kelebihan, ternyata metode ini juga menyiman kekurangan. Beberapa kekurangannya yaitu polimorfisme yang rendah, menguras waktu dan tenaga, hibridasinya susah, dan kesulitan lain.

2. Random amplified polymorphic DNA (RAPD)

Teknik RAPD biasanya menggunakan oglionukleotida untuk membentuk potongan-potongan DNA. Metode ini menggunakan PCR untuk memperbanyak sekuen DNA yang cocok dan kemudian akan terhibridisasi dengan random.

Baru kemudian diperbanyak untuk DNA yang cocok tersebut. Tahap selanjutnya adalah memisahkan potongan DNA menurut ukurannya lalu diwarnai dengan ethidium bromide sehingga potongan DNA akan nampat ketika disorot dengan sinat UV.

Keunggulan dari teknik ini adalah waktu yang dibutuhkan relative singkat, mudah dan murah untuk dilaksanakan. Teknik ini juga sudah banyak digunakan untuk menganalisis banyak spesies.

Kekurangan dari teknik ini adalah informasi yang didapat kurang akurat. Marka molekuler RAPD mempunyai sifat dominan, sehingga hasil yang didapat tidak memberikan petunjuk antara homozigositas dan heterozigositas. Kesulitan lain dari metode ini adalah pola yang muncul di RAPD namun tidak muncul pada DNA tetua.

3. Amplified fragment length polymorphism (AFLP)

Teknik ini adalah gabungan dari teknik RFLP dan RAPD. Teknik ini dilakukan dengan cara memotong DNA menggunakan enzim restriksi, namun pada teknik menggunakan dua enzim restriksi.

Hal ini bertujuan untuk mendapatkan potongan dalam jumlah besar. Potongan yang terseleksi dibesarkan dengan CPR walaupun DNA yang digunakan tidak dipilih secara acak. Polimorphise kemudian akan terlihat dari perbedaan panjang potongan dari hasil pembesaran PCR.

Teknik ini umumnya digunakan untk menganalisis variasi genetic diantara spesies dalam suatu komunitas. Teknik juga sering dimanfaatkan untuk klasifkasi genetic, juga untuk menemukan gen yang mempunyai peran tertentu.

Kelebihan teknik ini tidak membutuhkan data dari sekuen gen, hasil pembesaran stabil, bisa mendeteksi kelainan gen diantara spesies atau kultivar yang berhubungan. Kekurangan dari teknik ini adalah pelaksaan yang rumit, perlatan yang tidak murah, dan lainnya.

4. Simple sequence repeat (SSR)

Teknik berdasarkan pada pengulangan sekuen. Kolaborasi sekuen ini lalu menyebar dan menghasilkan polimorphisme yang tinggi. Polimorphise diketahui dari perbedaan ukuran potongan DNA yang dihasilkan dari perbedaan panjang sekuen.

Metode ini paling sering digunakan untuk perbedaan genetic karena data yang akurat. Kelebihan metode ini yaitu DNA yang digunakan dalam satu spesies dapat digunakan lagi untuk berbagai spesies. Juga teknik yang sederhana, jumlah DNA yang sedikit dan bisa dilakukan otomatis. Kekurangan dari teknik ini sulitnya untuk menggandakan sekuens, dan biaya yang mahal.

5. Single nucleotide polymorphism (SNP)

Teknik ini adalah variasi DNA yang terjadi dari perubahan beberapa DNA sekuen. Teknik ini bisa juga diartikan sebagai variasi sekuen DNA yang berbeda dari sekuen DNA lain. SNP dapat merubah fungsi gen sehingga akan merubah alel gen tersebut.

Keunggulan dari teknik ini adalah mudah diterapkan daripada teknik lain. Kelemahan dari metode ini adalah harus mendapatkan data dari gen target.

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *